最教寺に伝わる平戸藩の仏教美術、仏教民俗資料の一部が５０点ほど展示されている。

絹本著色仏涅槃図：重要文化財指定

　　朝鮮李王朝のものとされており、
　 海外における涅槃図の形式を知る上で
　 大変重要なものである。

三尊懸け仏：県指定文化財

　十一面観音、不動明王、毘沙門天の三尊形式。
　宇佐の古い形式を
　もつものでめずらしいものである。

媽姐

　新資料で平成１４年本堂改修工事中に
　 発見されたもの。
　平戸で２例目であり、彩色が残されている。
　また、左の一体は 媽姐以前の形式の
　 ものではない　かと指摘されている

版木：市指定文化財

　観中公直筆の版木で、版木そのものを見ることは
　まれであり、 平戸談議所の機能を伺わせるものである。

乃木希典書

　新資料で近年の改修工事で発見されたもの。
　乃木大将出征中のものである。多くの命を失った
　長として、その誠実な心境が語られている。

二階：現代の書家の作品を展示

　　三階：平和祈念のため平戸藩、第二次世界大戦の
　　　　　あらゆる戦死者を祀る。三階回廊からは
　　　　　平戸城と平戸瀬戸が見下ろせ、オランダ貿易や
　　　　　幕末などの歴史が想像できる。